Hace diez años, Alice salvó el País de las Maravillas de su deformación y salió del Asilo Rutledge, pero la pesada carga psicológica de la muerte de sus padres todavía persigue a Alice.
Con su mente por los suelos e incapaz de resolver el miedo impulsado por sus extraños recuerdos, sueños y visiones, Alice decide refugiarse en el País de las Maravillas para resolver mejor sus problemas, buscando lo que el mundo real no puede ofrecer: la seguridad, el conocimiento y la verdad sobre el pasado. Pero durante su ausencia, algo terriblemente mal ha ocurrido en el País de las Maravillas deformando de nuevo el hermoso lugar. Alice debe salvar tanto al País de las Maravillas como a ella misma de la locura antes de que la locura acabe con ambos.