17 años después de los acontecimientos de Silent Hill, Harry Mason junto a la pequeña niña que se convertiría en una adolescente llamada Heather y que nació del interior del cuerpo de la criatura llamada Incubator al momento de su muerte, viven en una pequeña comunidad alejada de los problemas de La Orden. En cierta ocasión Heather va a un centro comercial para hacerle un favor a su padre y cuando se dispone a volver a casa, su pesadilla comienza.