El juego se sitúa cronológicamente antes de los acontecimientos sucedidos en Ocarina of Time.16 Esta vez no aparecerá Epona, sino que el transporte de Link será un pelícaro -también conocido como neburi-,17 el ave que se mostró en el E3 2011. Link usará un instrumento tal y como lo hizo en Ocarina of Time y Majora's Mask con la Ocarina del Tiempo y en The Wind Waker con la Batuta de los vientos, esta vez Link usará una lira (arpa) al igual que Sheik lo hacía en Ocarina of Time.